VR utvecklar sin avfallshanering och återvinning. Koncernens avfallshantering har ordnats enligt de lokala föreskrifterna. VR samlar papper, paff och bioavfall samt trävirke, metall och glas. Mest avfall kommer från materiel som ska skrotas.
Uppkomsten av avfall för avstjälpningsplatser minskar VR genom att samla energiavfall. Det uppstod 1 637 ton problemavfall, varav största delen var avfall innehållande olja.
År 2008 inledde VR ombyggnaden av InterCity-tågens restaurangvagnar. De nya restaurangvagnarna möjliggör sortering av biologiskt avfall.
Fastigheterna och underhållet av materielen förbrukade 219 000 m3 vatten. Föregående år var vattenåtgången 214 000 m3. Även avfallsvattnet från materielunderhållet går till det kommunala reningsverket för avloppsvatten.